Waterbodem is te beschouwen als een integraal onderdeel van het watersysteem. Voor dat watersysteem zal medio 2009 een nieuwe wet van kracht worden, de Waterwet. Het huidige toetsingskader vanuit de Wet bodembescherming komt dan voor waterbodems te vervallen (SenterNovem, 1 augustus). In de memorie van toelichting bij het Waterbesluit is aangegeven dat er een nieuw toetsingskader zal worden opgesteld om te bepalen of de waterbodem de oorzaak is van het niet behalen van de gewenste gebiedskwaliteit. De gebiedskwaliteit dient te voldoen aan de doelstellingen van de Waterwet. Als niet aan de doelstelling van de Waterwet wordt voldaan, dus als het watersysteem niet op orde is, is het doorlopen van het toetsingskader noodzakelijk. Het toetsingskader is behulpzaam bij het vaststellen of de waterboden een ernstig risico is en of er een ingreep in de waterbodem noodzakelijk is.Het resultaat van het doorlopen van het toetsingskader kan zijn: Er hoeft geen maatregel plaats te vinden, ofEr moet mogelijk een maatregel plaatsvindenEr moet een maatregel plaatsvinden. Het toetsingskader wordt een 'handleiding voor gevorderden' (dat wil zeggen dat een ervaren waterbodemadviseur de beoordeling moet kunnen uitvoeren). Met deze handleiding wordt getoetst in hoeverre de waterbodemkwaliteit het halen van beleidsdoelen belemmert en welke bijdrage waterbodemmaatregelen kunnen leveren aan het halen van de beleidsdoelen.Aan het eind van het toetsingskader kom je tot een besluit met betrekking tot de waterbodem en de benodigde maatregelen daarvoor. Vervolgens kan het zo zijn dat deze maatregelen op zichzelf uitgevoerd kunnen worden zonder dat hierbij andere functies of maatregelen overwogen hoeven te worden. Het afwegingskader zou in eerste instantie een proceshandleiding worden om behulpzaam te zijn bij de afweging of een ingreep in de waterbodem zinvol is en waar deze een plaats kan krijgen in lopende of nieuw te starten gebiedsprocessen. Echter, in de loop van het ontwikkelingsproces is geconcludeerd dat een afwegingskader specifiek voor waterbodems onvoldoende toegevoegde waarde zou hebben. Er wordt namelijk ook gewerkt aan een bredere denklijn 'waterbeheer voor gebiedskwaliteit', waarin de waterbodem een goede inhoudelijk plaats krijgt in de afwegingen van de waterbeheerder in gebiedsprocessen. Hierbij komt de wateropgave in relatie tot overige functies centraal te staan, en worden ervaringen en lessen uit het verleden vertaald in mogelijkheden voor huidige opgaven. Wanneer bij een gebiedsproces of brede gebiedsontwikkeling blijkt dat de waterbodem een probleem zou kunnen vormen, kan de waterbeheerder een uitstap maken naar het toetsingskader waterbodem. De resultaten uit het toetsingskader kunnen vervolgens weer meegenomen worden in de afwegingen en input van de waterbeheerder in het gebiedsproces.